經由我們所觀察，可以歸納自地自建會遇到的問題如下，提供給想要自地自建的人參考，以為前車之鑑。
目前大部分自地自建的業主，都是採「先找建築師畫設計圖及施工圖，再找營造廠來施工，後續室內裝修再找室內設計師」的方式進行，這種傳統流程讓自地自建產生很多結構性的問題，讓我們先來瞭解「建築」這個產業的參與者所扮演的角色。
自地自建，明明就是一件事情，為什麼業主需要自己找哪麼多人？看出來了嗎？原來業主本身已經扮演一個「建設公司」整合的角色；一間建設公司有自己的開發部門、企畫部門、財會部門、工務部門等，互相配合「整合」一個建案的開發；任何事情，「整合」都是一個最困難的角色，因此，由沒有經驗的業主自己整合自力建屋的所有事項，才是導致出現以下問題的根本原因：
1、整合問題
（1）設計端與施工端的整合
由於業主不一定能完全想像圖面完工的樣子，因此常常發生做下去才發現不是自己想要的，這時候要停工並且修正設計後再施工；問題來了，設計者不一定能馬上幫你改圖，就算可以難免工程時間需要延後，但對施工端而言，很多工作都是環環相扣的，此時應如何協調？而且做錯拆掉重做又是雙重支出，值不值得？。
（2）建築設計與室內空間設計的整合
建築師進行建築設計時最重要的是考慮法規限制，因為建築師要負責建照的申請，頂多只是考慮到空間的配置：需要幾個房間、樓梯、廚房、客廳的位置等，很少會考慮到更細部的室內空間設計，更別說一套圖沿用很久的情形了。
以臥室為例：開窗位置就牽涉到床要擺那邊、那邊要留開關插座、那邊要放書桌等等，若是無法在一開始的建築設計階段就考慮使用者的需求（室內空間設計），常常結構體粗胚完成後才來敲敲打打，造成業主莫大的浪費。
（3）工種之間整合
最後，有些業主因為自己有房屋改建或是看別人自己蓋房子的經驗，認為所有工程自己發包可以省更多，就自己去找各個不同工班來施工。若經驗不足，此種方式常常導致時間的浪費及預算的增加。
蓋房子每一項工種都需要與其他工種互相配合，譬如說在結構體階段，模板要先完成外模組立，然後輪到鋼筋工班進行牆壁的鋼筋綁紮，這中間還要水電師傅配合管路施工。只要有一個環節沒有配合好就會延誤到整體工程的進行，在施工團隊彼此不熟識下，主導者若整合力不足或對於各工種之間的銜接不熟悉，常常發生前一個工種等後一個工種的問題，由於承包商在估價時是假設工程順利遂行的狀況，當發生工程延誤而責任不在他時，勢必提出追加預算；若是因為業主經驗不足指揮不當（例如看錯圖面）導致施工錯誤，只能拆掉重來，花的錢更多，更慘的是，光為了流程的安排及聯繫就會花費很多時間及心力，業主本身的工作還能專心去做嗎？
2、品質問題
責任歸屬：前面說目前大部分自地自建的模式是「先找建築師畫設計圖及施工圖，再找營造廠來施工」，此種方式監工的責任最後往往落在業主身上，因為建築師是重點監造，但對於業主而言，自己要住的房子，哪有什麼地方不是重點的？但業主又缺乏工程專業，不是圖看不懂不知道做的對不對，或是根本管不動工人，品質難免大打折扣，美夢變惡夢。
付款在前：很多廠商在簽約承包、尚未開始施工時就先收一筆頭期款或開辦費，付款在前最大的詬病就是承包商沒有約束，只管工作有沒有做完，不會管工作有沒有做好。
人情包袱：還有一種常見的情形就是找自己人（親朋好友）承包，常常礙於情面不好意思開口要求，這也妥協那也妥協，搞的自己一肚子怨氣不說還賠上工程品質。
3、設計問題
讓我們先明白建築師的收費標準：依據建築師公會規範為法定工程造價的8％，法定工程造價為建築物的總樓地板面積乘以5,000元/平方米，這種計費方式的特性是面積越多、收費越多（而不是設計越完善、收費越多）；但面積越多並不代表圖越難畫（若是外觀、格局都一樣的社區型透天或大樓集合住宅，只要畫好一個單位，其他複製貼上），這時候就產生一個茫點，建築師是以設計圖面積計價，但是自地自建者的單棟住宅面積很有限，導致建築師往往不願意花太多時間（因為不符成本）討論、修改圖面。
自地自建最大的好處就是完全按造自己的需求-包括家庭人員狀況、生活習慣、藝術喜好、特殊要求等-蓋一棟無論是平面格局、空間機能、外觀風格都合乎自己要由求的房子，若非經過不斷討論，直到自己滿意為止再施工，那自地自建不就變成自找罪受？
4、預算追加
理論上，若是經過詳細而完整的討論所設計出來的方案，一切按圖按約定施工，怎麼會有預算追加的問題呢？的確如此！但實際情形是，還是會發生業主中途改變心意而變更的情況（不過發生的頻率與事前討論的完整度成反比）；譬如說，發現了一組新出的磁磚很喜歡（屬於建材的替換），或是看了哪本雜誌產生新的想法（屬於設計變更）。
預算追加會產生爭議的原因在於少部分不肖廠商先以低價承攬，或是以每坪單價承包，並無明確約定以什麼建材施工；例如光馬桶就有幾千到十幾萬的差距，要是到時候業主想用好一點的馬桶，但承包商說我之前估的是一座5000元的，那就有的吵了。
工程變更無可厚非，站在使用者的立場，我們當然希望做出來的東西能夠讓業主滿意。但業主如何避免當冤大頭呢？此時最重要的，莫過於在估價時要求一份清楚、確實的估價單，這份估價單應該要有各種工程與材料的數量、單價、型號，以作為雙方追加減預算的依據（請參考「預算控制」）。